Setelah menerima SK, pengelola memiliki tugas tambahan yaitu menciptakan iklim pesantren yang lebih baik, akrab, dan bersahabat dengan seluruh pemangku kepentingan. Sehingga, proses pendidikannya berjalan dengan baik.
Para pengelola PDF dan SPM diminta untuk selalu mengedepankan pendekatan pendidikan yang komprehensif, memuliakan nilai kemanusiaan, selaras dengan pola tumbuh kembang peserta didik, serta jangan sampai ada kekerasan ataupun hukuman yang berat dan tak membangun kepada santri. Hal itu akan sangat menyakiti dan membekas pada para santri.
Dalam rangka penjaminan mutu, saat ini dilakukan asesmen terhadap lembaga PDF, SPM, serta Ma’had Aly. Menurut Waryono, untuk mendapatkan rekognisi yang diharapkan, lembaga pendidikan perlu dan mampu untuk beradaptasi dengan regulasi yang ada.
Berikut Lembaga Pendidikan Diniyah Formal dan Satuan Pendidikan Muadalah yang memperoleh izin operasional yaitu;
Pendidikan Diniyah Formal
- At Taujieh Al Islamy 2, jenjang Wustha dan Ulya (Banyumas, Jawa Tengah)
- Syarif Hidayatullah, jenjang Ulya (Pekalongan, Jawa Tengah)
- Anwaarunnajaah, jenjang Wustha dan Ulya (Cilacap, Jawa Tengah)
- Jlamprang, jenjang Wustha dan Ulya (Batang, Jawa Tengah)
- Tahfidh Yanbu’ul Qur’an Remaja, jenjang Wustha dan Ulya (Kudus, Jawa Tengah)
- Al Maimuniyyah, jenjang Wustha dan Ulya (Kudus, Jawa Tengah)
- Daarut Tauhiid, jenjang Wustha dan Ulya (Parompong, Jawa Barat)
- Miftahul Huda An-Najah Al-Muktafi, jenjang Wustha dan Ulya (Cililin, Jawa Barat)
- Al Anwar, jenjang Wustha dan Ulya (Cirebon, Jawa Barat)
- Nurul Huda Pandansari, jenjang Wustha dan Ulya (Cirebon)
Satuan Pendidikan Muadalah
- Darul Amanah, jenjang Wustha dan Ulya (Kendal, Jawa Tengah).(*)
