Selama era kolonial, pihak berwenang di negara tersebut khawatir bahwa Islam merupakan ancaman terbesar, sebagai ideologi perlawanan, terhadap pemerintahan mereka.
Pandangan ini juga dianut oleh para misionaris Kristen, yang sangat khawatir bahwa Islam dapat menyatukan orang Afrika dalam permusuhan dan pemberontakan melawan pemerintahan kolonial.
Suku Yao memeluk Islam pada abad ke-19, dan menjadi kelompok Muslim terbesar di Malawi sejak saat itu. Beberapa suku Chewa juga memeluk Islam pada periode yang sama.
Dekade 1970-an menyaksikan dimulainya kebangkitan Islam di kalangan umat Islam di Malawi, serta di kalangan umat Islam di seluruh dunia. Baru-baru ini, kelompok-kelompok Muslim telah terlibat dalam pekerjaan misionaris di Malawi.
Sebagian besar pekerjaan ini dilakukan oleh African Muslim Agency, yang berbasis di Kuwait. AMA yang disponsori Kuwait telah menerjemahkan Al Qur’an ke dalam bahasa Chichewa (Cinyanja), salah satu bahasa resmi Malawi, dan telah terlibat dalam pekerjaan misionaris lainnya di negara tersebut.
