Sebelum kekuasaan Soviet berdiri, terdapat sekitar 2.000 masjid yang aktif di Azerbaijan. Sebagian besar masjid ditutup pada tahun 1930-an, kemudian beberapa masjid diizinkan untuk dibuka kembali selama Perang Dunia II.
Pemerintahan Soviet mempromosikan kesadaran nasional Azerbaijan sebagai pengganti identifikasi dengan komunitas Islam dunia dan Iran.
Terdapat peningkatan ekstremisme agama di seluruh Azerbaijan sebagai akibat dari masalah-masalah yang terus berlanjut seperti korupsi, kemiskinan, dan pemerintahan yang otoriter, yang dikombinasikan dengan kekecewaan terhadap Barat dan dukungan terhadap sekte-sekte agama dari berbagai negara. Namun hal ini bertentangan dengan sekularisme tradisional.
Islam di Azerbaijan mewakili sebuah fenomena kompleks yang hanya dapat dipahami dalam konteks masyarakat dalam masa transisi.
Salah satu permasalahan Islam yang paling penting di Azerbaijan adalah hubungan antara Islam Sunni dan Islam Syiah yang masih didominasi oleh semangat ekumenis dan terkadang eklektik. Situasi ini terancam oleh misionaris asing di satu sisi dan tekanan masyarakat yang sedang mengalami transisi dinamis di sisi lain.
