Dari tahun 1389 hingga 1912, Kosovo secara resmi diperintah oleh Kekaisaran Ottoman Muslim dan tingkat Islamisasi yang tinggi terjadi di antara orang Albania Katolik dan Ortodoks. Baik orang Albania Kristen maupun Muslim menikah dan beberapa hidup sebagai “Laraman”, juga dikenal sebagai Kripto-Kristen.
Selama periode waktu setelah Perang Dunia II, Kosovo diperintah oleh otoritas sosialis sekuler di Republik Federal Sosialis Yugoslavia (SFRY). Selama periode itu, orang Kosovo menjadi semakin sekuler. Setelah berakhirnya periode komunis, agama mengalami kebangkitan di Kosovo.
Saat ini, 95,6% penduduk Kosovo adalah Muslim Sunni, yang sebagian besar adalah etnis Albania. Ada pula Muslim yang berbahasa non-Albania, yang menyebut diri mereka sebagai orang Bosnia, Gorani, dan Turki.
Banyak situs budaya Albania di Kosovo hancur selama konflik Kosovo (1998-1999) yang merupakan kejahatan perang yang melanggar Konvensi Den Haag dan Jenewa.
Dari 498 masjid di Kosovo yang aktif digunakan, Pengadilan Kriminal Internasional untuk bekas Yugoslavia (ICTY) mendokumentasikan bahwa 225 masjid mengalami kerusakan atau penghancuran oleh tentara Serbia Yugoslavia.
