Sejak zaman Yugoslavia, organisasi resmi Muslim di Kosovo adalah Komunitas Islam Kosovo, yang dipimpin oleh Mufti Agungnya, saat ini Naim Tërnava.
Tekke Bektashi tunduk pada tarekat Bektashi, dan di beberapa daerah, pendanaan dari Arab Saudi atau negara lain telah menimbulkan kekhawatiran tentang kemungkinan upaya Wahhabi-Salafi untuk memengaruhi Kosovo dan kebiasaan sosialnya, meskipun pengaruh tersebut sangat jarang terlihat.
Telah lama terjalin kontak antara Komunitas Islam Kosovo dan Gereja Katolik di Kosovo , dan pada tahun 2011, pertemuan rutin dimulai di tingkat Mufti dan Uskup, baik dari Gereja Katolik maupun Gereja Ortodoks Serbia di Kosovo.
Namun, hampir sepanjang sejarah Kosovo, telah terjadi keretakan antara Kristen Ortodoks Serbia, Kristen Katolik Albania, dan Islam Albania, sebagaimana yang berlaku di negara tersebut.(*)
