Gelombang pertama Muslim adalah imigran laki-laki lajang dari anak benua India dan Lebanon yang tiba dari tahun 1904 hingga 1913 dan kemudian menikahi wanita lokal.
Pada tahun 1929 kelompok lain datang dari Bombay, India yang kemudian membentuk Masyarakat Muslim Sunni Indo-Pakistan. Dari tahun 1929-1948 organisasi ini (berganti nama menjadi Misi Muslim Panama) memprakarsai pembangunan sebuah masjid di Kota Panama.
Lokasi itu setengah selesai dan digunakan untuk salat Idul Fitri dan kelas-kelas untuk Muslim baru, yang berjumlah sekitar dua puluh lima orang kulit hitam keturunan India Barat. Ada juga kelompok lain yang mempraktikkan Islam di Colón yang dipimpin oleh seorang Jamaika bernama Basil Austkan, yang menyewa tempat untuk shalat di 6th Street dan Broadway.
Pada tahun 1932 ada sekelompok Muslim di San Miguel, Calidonia di Kota Panama yang tinggal di Short Street tempat mereka mengadakan pertemuan dan shalat.
Umat ​​Muslim di Kota Panama yang berasal dari Indo-Pakistan tidak memiliki struktur keluarga hingga tahun 1951 ketika keluarga pertama tiba. Pada tahun 1963, mereka membeli sebidang tanah di pemakaman lokal yang disebut Jardin de Paz; pada tahun 1991, properti dibeli di daerah yang disebut Arraijan, yang sekarang hanya digunakan sebagai pemakaman Muslim.
