Terdapat kehadiran pedagang dan buruh Muslim Makassar di Papua Nugini bagian selatan pada abad ke-19 dan ke-20, namun hanya sedikit yang diketahui tentang praktik keagamaan mereka atau dampaknya terhadap penduduk asli daerah tersebut.
Meskipun telah berabad-abad lamanya berhubungan dengan umat Islam, tampaknya hanya ada sedikit pengaruh Islam di Papua Nugini, kecuali dalam ritual atau adat istiadat tertentu di antara beberapa suku asli.
Pada tahun 1970an, populasi Muslim di Papua Nugini diperkirakan hanya berjumlah 120 jiwa. Sebagian besarnya adalah pekerja ekspatriat dari Afrika dan Asia Selatan. Pada tahun 1982, Islam secara resmi diakui oleh pemerintah.
Pada tahun 1988, umat Islam di Papua Nugini mendirikan pusat Islam pertama, dengan bantuan sebuah organisasi Islam yang berbasis di Malaysia dan Kementerian Urusan Islam Saudi.
Pada tahun 1996, tiga pusat Islam lainnya didirikan, dengan bantuan Liga Muslim Dunia. Kini terdapat tujuh pusat Islam di negara ini.
