Keadaan berubah pada tahun 1940 yang dimana terjadi eksodus muslim Palestina dan muslim Lebanon yang melarikan diri dari zionis karena mendapatkan tekanan. Mereka masuk ke Peru dan menyebarkan Islam untuk kedua kalinya.
Masjid terkenal di Peru adalah Masjid Babul Islam yang terletak di Tacna. Masjid ini didirikan pada tahun 2000. Masjid ini cukup terkenal di kalangan muslim Peru karena ini merupakan masjid pertama yang ada di Peru.
Seorang warga Peru bernama Louis Castro masuk Islam dan kemudian belajar di Universitas Islam Madinah pada tahun 1980-an. Pada tahun 1993, komunitas Muslim membuka masjid di Distrik Jesús MarÃa di ibu kota, tetapi kemudian ditutup karena kesulitan keuangan. Lokasi lain dibuka di distrik Villa El Salvador, tetapi menemui kesulitan serupa dan juga ditutup.
Ada beberapa organisasi Islam di Peru, termasuk Asociación Islámica del Perú, Musulmanes Peruanos dari Naqshbandi Haqqani tariqa dan Asociación Islam Peru di Lima. Sekelompok umat Islam juga telah membuat halaman web www.IslamPeru.org.
Pada tahun 2007, terdapat klaim yang tidak berdasar bahwa simpatisan militan Islam membantu mengatur masuknya orang ke Amerika Serikat melalui negara mereka.
