Penganut Islam di Serbia terorganisasi menjadi dua badan terpisah: Komunitas Islam di Serbia, cabang dari Komunitas Islam Bosnia dan Herzegovina, dan Komunitas Islam Serbia yang didirikan pada tahun 2007 yang asal-usulnya berasal dari Kepangeran Serbia.
Pada tahun 2012, Reis-ul-ulema Mustafa Cerić menerbitkan fatwa terhadap Adem Zilkić, pemimpin Komunitas Islam Serbia, yang mengkategorikan tindakannya sebagai Masjid al-Dirar.
Komunitas Islam Serbia (Islamic Community of Serbia), yang berkedudukan di Belgrade, dikelola oleh Reis-ul-Ulema Sead Nasufović.
Komunitas ini terbagi menjadi Parlemen Serbia (Mešihat), yang berpusat di Belgrade, Mešihat Raška, dengan kedudukannya di Novi Pazar, Mešihat Preševo, dengan kedudukannya di Preševo.
Komunitas Islamska zajednica u Srbiji, dengan kedudukannya di Novi Pazar, dikelola oleh Mufti Mevlud Dudić, yang meliputi Komunitas Islam di wilayah Sandžak atau Mufti Sandžak, yang berpusat di Novi Pazar, dikelola oleh Mufti Mevlud Dudić.
