Pada abad ke 18, muslim Melayu dari Indonesia (Jawa) dan Melayu masuk ke Sri Lanka dibawa oleh penguasa Belanda. Kala itu baik Indonesia, Malaysia dan Sri Lanka sama-sama di bawah penjajahan Belanda.
Muslim Melayu yang masuk ke Sri Lanka merupakan tentara resimen Melayu bentukan Belanda untuk ditempatkan di Sri Lanka dan para tahanan Politik dari Indonesia yang dibuang ke sana. Muslim dari Indonesia terdiri dari para bangsawan, tokoh masyarakat, ulama beserta keluarganya yang menentang penjajahan Belanda.
Ada sekitar 50 ribu jiwa keturunan mereka kini yang di Sri Lanka, mereka mengadaptasi beberapa tradisi Moor Sri Lanka namun tetap mempertahankan tradisi Melayu termasuk penggunaan Bahasa Melayu di lingkungan mereka sendiri hingga kini.
Komunitas Muslim Sri Lanka menjadi sorotan dalam beberapa tahun terakhir karena kebijakan diskriminatif pemerintah di negaranya. Sejarah Muslim di Sri Lanka tercatat dimulai dalam harmoni, lalu ke kekerasan kolonial Barat, dan sekarang terancam oleh nasionalisme Buddha.
Pada 2014 unjuk rasa anti-Muslim yang diserukan oleh BBS di Aluthgama menyebabkan kematian tiga Muslim, beberapa lainnya terluka dan bisnis milik Muslim dijarah dan dibakar.
