Kehadiran Muslim pertama yang terdokumentasi di Estonia terjadi ketika tentara Muslim dari Kekaisaran Rusia tiba di Estonia selama Perang Livonia pada abad ke-16.
Muslim pertama yang menetap di Estonia sebagian besar adalah Tatar Sunni yang telah dibebaskan dari dinas militer di Angkatan Darat Rusia setelah Estonia dan Livonia ditaklukkan oleh Kekaisaran Rusia pada tahun 1721.
Komunitas Tatar yang kecil terkonsentrasi di Tallinn dan pada pertengahan abad ke-19, telah mendirikan sebuah masjid dengan seorang imam yang bertugas.
Setelah tahun 1860, gelombang baru imigran Tatar tiba di Estonia sebagai pedagang. Komunitas Tatar mulai menunjukkan aktivitas, pusatnya berada di kota Narva meskipun beberapa juga menetap di Tallinn dan Tartu.
Komunitas Tatar membuka toko dan terlibat dalam perdagangan. Sebuah jemaat Muslim (Narva Muhamedi Kogudus) terdaftar di sana di bawah Republik Estonia yang merdeka pada tahun 1928 dan yang kedua (Tallinna Muhamedi Usuühing) di Tallinn pada tahun 1939.
