Jumlah masjid di Moldova tidak terlalu diketahui karena banyak dari masjid di Moldova ditutup paksa oleh pemerintah. Pada tahun 2000, pemerintah Moldova menolak Islam sebagai agama resmi negara mengingat 93% dari total populasi adalah penganut Gereja Ortodoks Timur.
Hingga pada tahun 2002, seorang imam masjid menyewa 3 tempat untuk shalat jum’at. Pada tahun yang sama, muslim Moldova diperiksa identitasnya ketika akan shalat dan merekamnya hingga pada akhirnya banyak masjid masjid di Moldova akhirnya ditutup kembali. Hal inilah yang membuat Moldova merupakan negara dengan tingkat Islamofobia yang sangat tinggi dan kental.
Tahun 2002 komunitas Muslim Moldova mengajukan pelanggaran hak umat Muslim kepada pengadilan Hak Asasi Manusia Eropa, tetapi hingga kini kasusnya mengalami penundaan.
Kepala Pelayanan Agama Negara Moldova Gh Armasum sebagai pihak yang berwenang menolak mendaftarkan Dewan Spiritual Muslim Moldova berulang kali. Pada September 2000 pemerintah Moldova beralasan mereka menolak pendaftaran Islam sebagai agama resmi dengan alasan 97 persen penduduk Moldova adalah kris ten.
Pengacara HAM pada Komite HAM orang-orang Moldova Serghei Ostaf mengatakan, pemerintah ketika itu memang membuat kebijakan yang bias. Mereka hanya mengakui agama kristen atau keyakinan yang hampir sama dengan kristen.
