Muslim Moldova merasa bahwa mereka didiskriminasi dengan alasan pemeluk Islam sebagian besar adalah pengungsi Afghanistan dan Chechnya. Tidak hanya ditolak diakui, Muslim Moldova juga mengalami penahanan dan penutupan paksa masjid.
Pada 27 Juli 2002, tiga pemimpin Muslim terkemuka Moldova ditangkap dan ditahan pada saat perkemahan kajian Islam. Mereka adalah pemimpin Dewan Spiritual Muslim Moldova Talgat Masaev, Kepala organisasi amal Muslim Calauza, Rustam Ahsamov, dan warga Sudan Haisan Abdel Rasul.
Mereka ditahan oleh Kementerian Dalam Negeri di Chisinau. Menurut Masaev, mereka tidak mengetahui alasan ketika ditangkap. Setelah bertanya, mereka baru mengetahuinya bahwa pemerintah mencurigai mereka berhubungan dengan Usamah bin Laden.
Pada tahun 2011, jumlah muslim secara resmi hanya 2.000 orang saja. Namun, menurut Liga Muslim setempat, jumlah mereka adalah 17.000 orang.(*)
