Jenghis Khan dan kaisar-kaisar Yuan berikutnya melarang praktik-praktik Islam seperti penyembelihan halal, memaksakan metode-metode Mongol dalam menyembelih hewan kepada umat Islam, dan tingkat pembatasan lainnya terus berlanjut. Umat Islam harus menyembelih domba secara rahasia.
Muslim Kazakh mulai menetap di wilayah Dzungaria dan Altai pada akhir abad kesembilan belas. Mayoritas orang Kazakh ini adalah klan Kerei dan Naiman, banyak dari mereka melarikan diri dari penganiayaan di Rusia Tsar dan Qing Tiongkok.
Masjid yang ada di Mongolia masih sangat sedikit jumlahnya, yakni hanya 27 masjid. Itu pun bangunannya kecil-kecil. Masih diperlukan kerja keras untuk membangun kehidupan beragama yang lebih baik di kalangan Muslim Mongolia.
Minimnya fasilitas ibadah dan pendidikan agama menjadi salah satu persoalan yang dihadapi Muslim Mongolia. Untuk itu diperlukan penggalangan dana dari negara-negara Muslim untuk membantu pembangunan sarana pendidikan Islam di Mongolia
Islam saat ini sebagian besar dianut di bagian barat negara itu serta di ibu kota Mongolia. Beberapa pusat populasi besar dengan kehadiran Muslim yang signifikan termasuk Ulaanbaatar (90% di khoroo #4 dari Nalaikh düüreg), Töv dan Selenge aimags, Erdenet, Darkhan, Bulgan, Sharyngol (17.1% dari total populasi) dan kota Berkh.(*)
