Selama masa kepresidenan ayahnya, ia menjadi Menteri Luar Negeri dari 1989 hingga 1991, mewakili Bongoville sebagai wakil di Majelis Nasional dari 1991 hingga 1999, dan menjadi Menteri Pertahanan dari 1999 hingga 2009.
Setelah kematian ayahnya, ia memenangkan pemilihan presiden Gabon 2009. Ia terpilih kembali pada tahun 2016, dalam pemilu yang dirusak oleh banyaknya pelanggaran, penangkapan, pelanggaran hak asasi manusia, dan protes serta kekerasan pasca pemilu.
Pada tanggal 30 Agustus 2023, menyusul hasil pemilihan umum Gabon, militer menggulingkannya dari kursi kepresidenan melalui kudeta karena kurangnya transparansi dalam proses pemilihan dan membentuk junta yang disebut Komite Transisi dan Pemulihan Institusi.
Pemimpin kudeta Brice Oligui Nguema adalah bagian dari keluarga Bongo. Menjadi presiden pertama yang tidak meninggal saat menjabat.
Pada bulan September 2024, Bongo mengumumkan pengunduran dirinya dari dunia politik, sembari memohon pembebasan istrinya Sylvia dan putranya Noureddin. Ia juga menerima “tanggung jawab penuh” atas “kegagalan” yang terjadi di bawah rezimnya.(*)
