Sejak Desember 2006 menjabat Direktur Pascasarjana UIN Syarif Hidayatullah, Jakarta. Sebelumnya sejak tahun 1998 hingga akhir 2006 Azyumardi Azra adalah Rektor UIN Syarif Hidayatullah Jakarta.
Ia pernah menjadi Wartawan Panji Masyarakat (1979-1985),[9] Dosen Fakultas Adab dan Fakultas Tarbiyah IAIN Syarif Hidayatullah, Jakarta (1992-sekarang), Guru Besar Sejarah Fakultas Adab IAIN Jakarta, dan Pembantu Rektor I IAIN Syarif Hidayatullah, Jakarta (1998).
Ia juga merupakan orang Asia Tenggara pertama yang di angkat sebagai Professor Fellow di Universitas Melbourne, Australia (2004-2009), dan anggota Dewan Penyantun (Board of Trustees) Universitas Islam Internasional Islamabad Pakistan (2004-2009). Ia juga masih menjadi salah satu anggota Teman Serikat Kemitraan bagi Pembaruan Tata Pemerintahan.
Atas perhatiannya terhadap bidang jurnalistik di usia senjanya Azyumardi Azra, yang lebih akrab dipanggil Prof Azra, terpilih sebagai anggota Dewan Pers 2022-2025 dari unsur tokoh masyarakat. Ia kemudian didapuk menjadi Ketua Dewan Pers.
Azyumardi Azra wafat di Malaysia pada hari minggu, 18 September 2022. Dia sedianya menjadi narasumber dalam sebuah acara di Malaysia. Tetapi, begitu mendarat di Malaysia dia terkena serangan jantung. Makalah yang akan dia paparkan dalam acara itu dimuat lengkap oleh harian Kompas.(*)
