Akhirnya pada 9 September 2016, Presiden Joko Widodo menunjuk Budi Gunawan sebagai Kepala Badan Intelijen Negara (BIN), menjadikannya perwira polisi kedua yang menduduki jabatan tersebut, setelah Jenderal Polisi Sutanto.
Di bawah kepemimpinan Budi Gunawan, BIN mengalami modernisasi dan transformasi yang signifikan. Ia membentuk divisi baru untuk mengatasi ancaman yang muncul, seperti Deputi Bidang Intelijen Siber dan Deputi Bidang Intelijen Pengamanan Aparatur.
Kontribusi Budi Gunawan kepada masyarakat Indonesia melampaui intelijen dan penegakan hukum. Sebagai seorang pemimpin, dia juga membuat langkah signifikan dalam mempromosikan persatuan dan memberdayakan pemuda negara.
Dia adalah katalisator pendirian Asrama Mahasiswa Nusantara (AMN) dan Papua Youth Creative Hub (PYCH), keduanya bertujuan untuk menumbuhkan pemahaman antar budaya dan memberikan peluang untuk tumbuh dan berkembang.
Komitmen Gunawan terhadap dunia akademis dan pendidikan melampaui karier profesionalnya. Ia sering memberikan kuliah umum, seminar, dan lokakarya di berbagai forum dan perguruan tinggi, baik di dalam maupun luar negeri.
