Menem menceraikan Zulema Yoma pada 1991. Anaknya yang bernama Zulema María Eva Menem menjalankan peran sebagai Ibu Negara pada acara-acara resmi untuk sisa masa jabatan kepresidenan ayahnya.
Pada 1995, anaknya, Carlos Saúl Facundo Menem Yoma meninggal dalam kecelakaan helikopter. Meskipun kejadian ini dinyatakan sebagai kecelakaan, banyak orang percaya bahwa ini adalah pembunuhan politik.
Pada Mei 2001, Menem menikahi model asal Chili bernama Cecilia Bolocco (Miss Universe 1987) yang lebih muda 35 tahun.
Pada 13 Juni 2020, Menem dirawat di rumah sakit karena pneumonia parah dan ditempatkan di perawatan intensif; ia dinyatakan negatif COVID-19 [ 87 ] dan dipulangkan pada 29 Juni 2020, tiga hari sebelum ulang tahunnya yang ke-90.
Pada 15 Desember 2020, ia dirawat lagi di Sanatorium Los Arcos karena infeksi saluran kemih. Pada 24 Desember 2020, Menem diinduksi koma setelah gagal ginjal.
