Karier bisnisnya diawali ketika ia bergabung dengan Astra yang saat itu dipimpin oleh ayahnya. Setelah merasa cukup belajar di Astra, ia mencoba peruntungannya dengan mendirikan perusahaan properti dengan membangun aparteman di kawasan Casablanca, Jakarta. Tetapi usaha ini tidak berjalan dengan mulus dan masalah pembebasan lahan menjadi kendala utama. Akhirnya perusahaan ini dijual ke ayahnya.
Pada tahun 1992, ia bergabung dengan perusahaan tambang di Sawah Lunto, Sumatera Barat yaitu PT Allied Indo Coal. Tahun 1997, ia juga memulai bisnisnya di bidang keuangan dengan mengakusisi perusahaan multi finansial PT Wahana Ottomitra Multiartha (WOM Finance). Perusahaan ini bergerak dalam bidang penyedia pembiayaan publik khusunya pembelian sepeda motor Honda.
Pada tahun 2005, bersama Theodore Permadi Rachmat, Edwin Soeryadjaya, Sandiaga Uno, dan Benny Soebianto, ia membentuk konsorsium baru membeli saham Adaro Energy dari New Hope, perusahaan asal Australia.
Ini menjadi titik balik dari bisnisnya, ia berhasil menjadikan Adaro Energy sebagai perusahaan terbesar kedua di Indonesia setelah PT Kaltim Prima Coal dan salah satu produsen batubara terbesar kelima di dunia.
Pada tanggal 10 Juni 2015, PT Bursa Efek Indonesia (BEI) resmi menunjuk Garibaldi Thohir sebagai komisaris menggantikan Dwi Soetjipto. Pada 24 Juli 2019, Garibaldi Thohir ditunjuk menjadi Komisaris Utama PT Aplikasi Karya Anak Bangsa (Gojek). Pada September 2019, ia menjadi Direktur PT Apple Indonesia.
