Ayahnya adalah seorang penjaga yang meninggal karena serangan jantung ketika dia berusia delapan tahun, meninggalkan dia dan empat saudara kandung untuk dibesarkan oleh ibunya.
Dia adalah anak bungsu dari lima bersaudara. Keluarganya dalam kemiskinan pada saat kematian ayahnya, dan dia membantu ibunya untuk menjual nasi padang di luar bekas Politeknik Singapura (sekarang Gedung Bestway) di sepanjang Prince Edward Road.
Halimah menikah dengan Mohammed Abdullah Alhabshee, keturunan Arab, dan mereka memiliki lima orang anak. Mohammed lulus dari NUS dengan gelar Sarjana Sains di bidang fisika. Di sanalah ia pertama kali bertemu dengan Halimah.
Meskipun Halimah dikategorikan sebagai seorang Muslim India karena keturunan ayahnya, a mencalonkan diri dalam pemilihan presiden tahun 2017 sebagai kandidat Melayu dan mengidentifikasi dirinya sebagai seorang Muslim Melayu.
Halimah bersekolah di Singapore Chinese Girls’ School dan Tanjong Katong Girls’ School. Ia lulus dari Universitas Singapura (sekarang Universitas Nasional Singapura (NUS)) pada tahun 1978 dengan gelar Sarjana Hukum dan dipanggil ke Singapore Bar pada tahun 1981.
