Ia dibesarkan dalam lingkungan agama Kristen Ortodoks Yunani dan bersekolah di pesisir timur dan barat negara Amerika Serikat. Saat usianya 12 tahun, kakek dari sebelah ibunya mengirim Hamza dan saudarinya, Nabila, ke Kamp Ortodoks di Yunani untuk belajar agalam Katolik (Ia tampaknya diarahkan agar menjadi pendeta pada masa mudanya).
Pada tahun 1977, setelah mengalami kecelakan mobil yang hampir mematikan, ia mulai mencari-cari tentang kehidupan setelah mati dan mulai membaca Al Qur’an yang pada akhirnya ia memeluk agama Islam. Saudarinya Nabila adalah satu-satu saudaranya yang masuk ke agama Islam.
Hamza Yusuf menghabiskan waktunya belajar di luar Amerika Serikat selama sepuluh tahun. Tidak lama setelah pindah agama ke Islam, Yusuf pindah ke London di Inggris, ke Granada di Spanyol dan pada akhirnya Al Ain di Abu Dhabi, Uni Emirat Arab untuk mengejar secara serius ilmu-ilmu keislaman.
Di sana, ia secara khusus belajar bahasa Arab dan juga sekaligus menjadi muazin di suatu masjid lokal selama empat tahun. Ia berkenalan dengan sejumlah ulama asal Mauritania dan lalu mulai belajar secara serius ilmu-ilmu Islam termasuk fiqih mazhab Maliki.
Pada akhirnya ini membawanya melakukan perjalanan ke negeri Mauritania untuk belajar lebih serius kepada satu ulama paling terkenal di sana, Sidi Muhammad ould Fahfu Al Massumi, lebih dikenal sebagai Murabit Al Hajj. Selama masa tinggalnya di sana, Yusuf tinggal dan belajar langsung kepada Murabit Al Hajj selama 3 tahun.
Selain gelar-gelar keislaman, ia pun berhasil menamatkan pendidikan dalam sastra Inggris dengan gelar Sarjana Muda (A.A) di Imperial Valley, California pada tahun 1990 dan Ilmu keperawatan (gelar A.S) dari kampus yang sama.
