El Banna diangkat sebagai Officer of the Order of the British Empire (OBE) oleh Ratu Elizabeth II pada Penghargaan Tahun Baru 2004; pada tahun yang sama ia menerima Penghargaan Ibn Khaldun untuk Keunggulan dalam Mempromosikan Pemahaman antara Budaya dan Keyakinan Global di Inggris.
Pada tahun 2004 juga Sindikat Medis Mesir menganugerahinya atas jasanya terhadap kemanusiaan dan pengobatan. Pada tahun 2005 ia menerima Penghargaan Asosiasi Profesional Kashmir dan Pakistan dan pada tahun 2006 ia dianugerahi Penghargaan Prestasi Seumur Hidup Permata Asia.
Mengakui karya dan pengaruhnya di seluruh dunia pada tahun 2007, UK Muslim Power 100 menganugerahinya dengan penghargaan pencapaian seumur hidup dan Universitas Birmingham telah memberinya gelar doktor kehormatan.
Pada Januari 2013, ia dinominasikan untuk penghargaan Muslim dalam Komunitas di British Muslim Awards.
Ia adalah Mitra Pendiri dan anggota Dewan Pengawas serta Presiden Pusat Aksi Antaragama mengenai Kemiskinan Global (CIFA) sejak Juni 2010, namun mulai Maret 2013, ia tidak lagi terkait dengan CIFA.(*)
