Omar menghabiskan masa kecilnya di Baidoa, Somalia. Ia adalah anak bungsu dari tujuh bersaudara, termasuk saudara perempuan Sahra Noor.
Ayahnya, Nur Omar Mohamed adalah seorang kolonel di tentara Somalia di bawah Siad Barre , bertugas dengan kehormatan dalam Perang Ogaden 1977-78 antara Somalia dan Ethiopia, dan juga bekerja sebagai pelatih guru.
Ibunya, Fadhuma Abukar Haji Hussein meninggal ketika Ilhan berusia dua tahun. Ia dibesarkan oleh ayah dan kakeknya, yang merupakan Muslim Sunni moderat yang menentang interpretasi Wahhabi yang kaku tentang Islam.
Keluarga Omar mendapatkan suaka di AS dan tiba di New York pada tahun 1995, kemudian tinggal beberapa waktu di Arlington, Virginia sebelum pindah dan menetap di Minneapolis.(*)
