Malahayati memimpin 2.000 orang pasukan Inong Balee (janda-janda para pahlawan) berperang melawan kapal-kapal dan benteng-benteng Belanda tanggal 11 September 1599 sekaligus membunuh Cornelis de Houtman dalam pertempuran satu lawan satu di geladak kapal.
Dia mendapat gelar Laksamana untuk keberaniannya ini, sehingga ia kemudian lebih dikenal dengan nama Laksamana Malahayati.
Perjuangan Malahayati melawan penjajah dimulai setelah terjadinya pertempuran di Teluk Haru. Armada laut Kesultanan Aceh melawan armada Portugis. Pada pertempuran itu, Laksamana Zainal Abidin, suami Malahayati, gugur.
Setelah ditinggal wafat oleh suaminya, Malahayati mengusulkan kepada Sultan Aceh untuk membentuk pasukan yang terdiri dari janda prajurit Aceh yang gugur dalam peperangan. Permintaan itu dikabulkan.
Malahayati diangkat sebagai pemimpin pasukan Inong Balee dengan pangkat laksamana. Malahayati adalah perempuan Aceh pertama yang menyandang pangkat ini.
