Ia memulai kembali perundingan rahasia dengan pejabat Israel pada tahun 1989 lewat perantara Belanda. Ia tetap menjalankan aktivitas perundingan di balik pintu dengan Israel ketika dan pasca-Konferensi Madrid tahun 1991.
Pasca Konferensi Madrid, ia dipercaya menjabat sebagai koordinator urusan perundingan. Ia meletakkan rencana dan pengarahan pada tim perunding Palestina.
Abbas menjalani pendidikan pascasarjana di Universitas Patrice Lumumba di Moskwa, di mana ia mendapatkan gelar Candidate of Sciences, yang setara dengan gelar PhD. Disertasinya berjudul “The Other Side: The Secret Relationship Between Nazism and Zionism”.
Ia terpilih secara aklamasi sebagai Ketua PLO sepeninggal Yasser Arafat (11 November 2004). Ia terpilih menjadi Presiden Palestina pada pemilu 9 Januari 2005 dengan 62,3 persen suara.
Kemenangan Hamas pada Pemilu Legislatif 25 Januari 2006 menghantarkan Ismail Haniya untuk posisi Perdana Menteri Palestina. Hamas yang semenjak awal perjuangannya menolak mengakui negara Israel membuat kesulitan posisinya, sehingga Abbas berniat menyelenggarakan sebuah referendum pada 31 Juli 2006 untuk menentukan perlu tidaknya Palestina mengakui negara Israel.(*)
