Pelanggaran yang dilakukannya pada masa itu membuatnya menjadi sasaran penyergapan, di mana ia dipenjara dan diangkut ke Dahomey; ia diangkut ke kapal budak pada tahun 1845 dan dibawa ke Pernambuco di Brasil.
Baquaqua adalah seorang budak di Olinda, Pernambuco selama sekitar dua tahun. Tuannya adalah seorang tukang roti. Ia bekerja di konstruksi rumah, mengangkut batu, belajar bahasa Portugis, dan bekerja sebagai “escravo de tabuleiro” (budak pedagang). Kekejaman tuannya di Brazil membuatnya kecanduan alkohol dan mencoba bunuh diri.
Dibawa ke Rio de Janeiro, Baquaqua dimasukkan ke dalam awak kapal dagang Lembrança (“Sebuah Kenangan”), yang mengangkut barang-barang ke provinsi-provinsi selatan Brasil.
Pada tahun 1847, sebuah kiriman kopi ke Amerika Serikat menjadi paspornya menuju kebebasan. Kapal itu tiba di Pelabuhan New York pada bulan Juni, di mana ia didekati oleh para abolisionis lokal, yang mendorongnya untuk melarikan diri dari kapal.
Namun, setelah melarikan diri, ia dipenjara di penjara setempat, dan hanya bantuan para abolisionis (yang memfasilitasi pelariannya dari penjara) yang mencegahnya kembali ke kapal. Ia kemudian dikirim ke Haiti, di mana ia tinggal bersama Pendeta WL Judd, seorang misionaris Baptis.
