Beralih ke agama Kristen dan dibaptis pada tahun 1848, Baquaqua kembali ke AS karena ketidakstabilan politik di Haiti. Ia belajar di New York Central College di bagian utara New York selama hampir tiga tahun.
Pada tahun 1854, ia pindah ke Kanada; otobiografinya diterbitkan pada tahun yang sama di Detroit oleh Samuel Downing Moore. Tidak diketahui apa yang terjadi pada Baquaqua setelah tahun 1857.
Saat itu ia berada di Inggris dan telah beralih ke American Baptist Free Mission Society untuk dikirim sebagai misionaris ke Afrika.(*)
