Pada tanggal 30 Juni 2013, demonstrasi besar berlangsung di penjuru Mesir menuntun pengunduran diri Presiden Morsi. Bersamaan dengan demo anti-Morsi, para pendukungnya mengadakan demonstrasi tandingan di lokasi lain di Kairo.
Pada 1 Juli 2013, Angkatan Bersenjata Mesir menerbitkan ultimatum 48 jam, memberi tenggat waktu hingga 3 Juli bagi partai untuk memenuhi tuntutan rakyat Mesir. Militer Mesir juga mengancam akan turut campur bila perselisihan tersebut tidak diselesaikan.
Empat menteri juga turut mengundurkan diri pada hari yang sama, termasuk Menteri Pariwisata Hisham Zazou, Menteri Komunikasi dan IT Atef Helmi, Menteri Negara Urusan Hukum dan Parlemen Hatem Bagato dan Menteri Negara Lingkungan Hidup Khaled Abdel Aal, menyisakan pemerintahan dari Ikhwanul Muslimin saja.
Pada 2 Juli 2013, Presiden Morsi secara terbuka menolak ultimatum 48 jam dan bersumpah untuk menjalankan rencananya sendiri untuk rekonsiliasi nasional dan menyelesaikan krisis politik.
Pada 3 Juli 2013 pukul 21:00 (GMT+2), Abdul Fattah el-Sisi, Kolonel Jenderal Angkatan Bersenjata Mesir, mengumumkan announced a road map rencana mendatang Mesir, menyatakan bahwa Morsi telah dilengserkan dan mengangkat kepala Mahkamah Konstitusi sebagai pemegang jabatan sementara Presiden Mesir.
Akhirnya, setelah 1 tahun mendekam di penjara, pada tanggal 19 November 2014, Mursi bersama 35 pemimpin Ikhwanul Muslimin lainnya terancam didakwa dengan hukuman mati dengan tuduhan melakukan spionase kepada Qatar.
