Saat menjabat, ia memimpin operasi pembebasan sandera di Mapenduma. Ketika jatuhnya Presiden Soeharto, ayah mertuanya, pada bulan Mei 1998, Prabowo sedang menjabat sebagai Panglima Komando Cadangan Strategis.
Setelah diberhentikan dari dinas militer, Prabowo menghabiskan waktu di Yordania dan di beberapa negara Eropa. Sekembalinya ke Indonesia, ia menekuni dunia bisnis, mengikuti jejak adiknya Hashim Djojohadikusumo yang merupakan seorang konglomerat.
Bisnis Prabowo meliputi sedikitnya 27 perusahaan yang bergerak pada sektor-sektor yang berbeda. Pada tahun 2008, ia mendirikan Partai Gerakan Indonesia Raya (Gerindra).
Selain itu, ia juga pernah aktif sebagai ketua di Himpunan Kerukunan Tani Indonesia. Di bidang olahraga, Prabowo aktif di Ikatan Pencak Silat Indonesia dan Persekutuan Pencak Silat Antarabangsa.
Pada tanggal 23 Oktober 2019, Prabowo dilantik menjadi Menteri Pertahanan ke-26 Republik Indonesia dalam Kabinet Indonesia Maju untuk periode 2019 hingga 2024.
