Qaboos kembali ke Oman pada tahun 1966 dan ditempatkan di bawah tahanan rumah virtual oleh ayahnya. Pada tahun 1970, Qaboos naik ke tahta Oman setelah menggulingkan ayahnya sendiri dalam kudeta dengan dukungan Inggris. Negara itu kemudian dinamai kembali Kesultanan Oman.
Masalah pertama yang langsung dihadapi Sultan Qaboos adalah pemberontakan bersenjata dari kaum Komunis di Yaman Selatan, yaitu Pemberontakan Dhofar. Ia dengan cepat mengalahkan serangan tersebut atas bantuan beberapa negara.
Sebagai Sultan, Qaboos menerapkan kebijakan modernisasi dan mengakhiri isolasi internasional Oman. Pemerintahannya menyaksikan peningkatan standar hidup dan pembangunan di negara itu, penghapusan perbudakan, akhir Pemberontakan Dhofar dan diundangkannya konstitusi Oman.
Tahun 1992 (1412H), Sultan Qaboos memerintahkan pembangunan masjid di wilayat Bausher di muhafazah Muscat. Ketika Sultan naik tahta pada 1970, ia telah mendirikan sebuah masjid sederhana di Muscat, tetapi pada 1992, ia meminta dibuatkan rancangan untuk masjid terbesar di dunia.
Masjid tersebut dibuat berdasarkan seni dan arsitektur Islami yang terbaik yang bukan hanya dari satu negara atau satu tradisi Islam saja. Sebagai ciri khas gaya pemerintahan Sultan Qaboos, masjid agung ini maupun 2.000 masjid lainnya dibangun dengan dana pribadi Sultan.
