Penelitian Khalidi terutama mencakup sejarah Timur Tengah modern. Ia berfokus pada negara-negara di Mediterania Selatan dan Timur, dengan memperhatikan kemunculan berbagai identitas nasional dan peran yang dimainkan oleh kekuatan eksternal dalam perkembangannya.
Ia menjabat sebagai presiden Middle East Studies Association of North America pada tahun 1994 dan saat ini menjadi salah satu editor Journal of Palestine Studies bersama Sherene Seikaly.(*)
