Segera setelah kelahiran putrinya yang bernama Roisin pada tahun 1995, O’Connor dan ayah gadis itu, jurnalis Irlandia John Waters, memulai persidangan yang panjang mengenai hak asuh yang berakhir dengan O’Connor menyetujui untuk membiarkan Roisin tinggal di Dublin bersama Waters.
Pada pertengahan 2001, O’Connor menikah dengan jurnalis Inggris Nick Sommerlad; pernikahan itu berakhir pada tahun 2004. Ia dikaruniai anak ketiganya, seorang putra bernama Shane, pada tahun 2004 hasil hubungannya dengan musisi Donal Lunny.
O’Connor menikah untuk ketiga kalinya pada 22 Juli 2010, ia menikah dengan teman lama dan kolaboratornya Steve Cooney, dan pada akhir Maret 2011 mereka memutuskan untuk berpisah.
Pernikahan keempatnya adalah dengan seorang terapis Irlandia, Barry Herridge. Mereka menikah pada 9 Desember 2011 di Las Vegas, tetapi 17 hari kemudian ia mengumumkan di situs webnya bahwa pernikahan mereka telah berakhir.
Pada tahun 2017, O’Connor mengubah nama resminya menjadi Magda Davitt, ia mengatakan dalam sebuah wawancara bahwa ia ingin “bebas dari kutukan orang tua”. Dengan perubahan keyakinan tersebut pada Oktober 2018, ia mengatakan bahwa akan menggunakan nama Shuhada Davitt.
