Pada tahun 1989, perkumpulan mahasiswa memainkan peran aktif dalam memperdebatkan masa depan proses demokrasi, dan Khanfar mulai terkenal sebagai pemimpin yang karismatik dan alami, membantu mengorganisir forum, protes, festival dan demonstrasi menuntut hak-hak mahasiswa.
Selama perang Irak, Khanfar melaporkan dari wilayah yang dikuasai Kurdi di utara, dan setelah jatuhnya rezim Ba’ath Saddam Hussein, ia menjadi kepala biro Al Jazeera di Bagdad.
Khanfar menjadi Managing Director Saluran Al Jazeera pada tahun 2003 dan Direktur Jenderal Jaringan Al Jazeera pada tahun 2006. Ia berbicara pada Konferensi TED 2011 tentang Arab Spring yang sedang berlangsung.
Pada bulan September 2011, situs web whistleblowing nirlaba WikiLeaks merilis kumpulan kabel diplomatik yang bocor yang menyoroti aktivitas AS di luar negeri. Beberapa kabel tersebut mengimplikasikan Khanfar terlalu mempengaruhi liputan berita Al Jazeera tentang Perang di Irak atas perintah pejabat kedutaan AS di Qatar.
Wadah Khanfar dituduh oleh beberapa orang memiliki bias yang pro-Islam. Menanggapi tuduhan-tuduhan ini dalam sebuah wawancara dengan The Nation pada tahun 2007, Khanfar mengatakan: “Islam kini lebih merupakan sebuah faktor dalam bidang politik dan sosial yang berpengaruh di dunia Arab, dan liputan jaringan tersebut mencerminkan hal tersebut. Mungkin Anda memiliki lebih banyak informasi Islami suara-suara di jaringan karena realitas politik di lapangan”.
Pada tanggal 20 September 2011, Khanfar mengumumkan di halaman Twitter resminya bahwa dia ‘pindah’ ​​dari Al Jazeera setelah memimpin saluran tersebut selama 8 tahun.(*)
