Mohammed lahir dengan nama Wallace D. Muhammad di Yemans Street di Hamtramck, Michigan pada tahun 1933. Pada tahun 1992, ia mengubah nama sahnya menjadi Warithuddin Muhammad, Warith Deen Muhammad, yang berarti ‘Pewaris Agama Muhammad’.
Orang tuanya adalah Clara dan Elijah Muhammad, keduanya sangat aktif di Nation of Islam (NOI), organisasi yang menyebarkan bentuk nasionalisme Kulit Hitam dan versi Islamnya sendiri.
Dinamakan untuk menghormati Wallace Fard Muhammad (Fard), pendiri Nation of Islam, Mohammed tumbuh di Chicago sebagai salah satu dari tujuh bersaudara. Pendidikan dasarnya berasal dari sistem sekolah Universitas Islam Muhammad (MUI) (yang kemudian dikenal sebagai Sekolah Clara Muhammad, atau Sekolah Muhammad).
Dia sempat belajar bahasa Arab saat masih muda di bawah bimbingan Jamal Shakir Diab, seorang Palestina yang kemudian dipekerjakan oleh ayahnya untuk mengajar di MUI di Chicago.
Mohammed menjadi menteri di bawah ayahnya pada akhir tahun 1958 dan bertugas di Philadelphia pada akhir tahun 1950an dan awal tahun 1960an. Saat bertugas di Philadelphia, WD Mohammed memulai studi ekstensif tentang doktrin Ahmadiyah di bawah misionaris Ahmadi yang berbasis di Philadelphia, Muhammad Abdullah.
