Pada tanggal 29 Oktober 1961, Mohammed ditangkap karena tidak melapor ke Rumah Sakit Negara Bagian Elgin. Keesokan harinya, pada ulang tahunnya yang ke-28, Mohammed dipindahkan ke Lembaga Pemasyarakatan Federal, Sandstone untuk memulai masa hukumannya karena menolak wajib militer Amerika Serikat.
Dia bisa saja melakukan pelayanan masyarakat, tetapi ayahnya mendesaknya untuk menerima hukuman penjara. Dia menghabiskan sebagian besar waktunya untuk mempelajari Al Quran, kitab suci utama Islam, dan Alkitab.
Mohammed bertekad untuk memperkuat ikatan antara gerakannya dan komunitas Muslim Amerika yang lebih luas serta dengan para pengikut Islam di luar negeri.
Di Jenewa, Swiss pada tahun 1985, ia bertemu dengan Dr. Muhammad Ahmad Al Sharif, Sekretaris Jenderal World Islamic Call Society of Libya dan Dr. Abdul Hakim Tabibi, seorang mujahid Afghanistan, untuk membahas bidang-bidang kerja sama masa depan dengan World Islamic Call Society dan Komunitas Muslim Amerika. Ia menjamu Grand Mufti Abdullah Mukhtar, pemimpin sekitar 60 juta Muslim di Masjid Bilal, selama kunjungan pertamanya ke Amerika Serikat pada tahun 1994.
Pada tahun 1999, ia terpilih untuk melayani di dewan syura Masyarakat Islam Amerika Utara. Pada tahun yang sama, selama Ramadan, ia berjanji untuk bekerja dengan Mufti Besar Suriah, Shaikh Ahmed Kuftaro An Naqshbandi untuk kemajuan Al Islam selama pertemuan dengan Kuftaro dan Shaikh Nazim Al Haqqani.
