Berbeda dengan Sudan yang mayoritas penduduknya beragama Islam, di Sudan Selatan kaum Muslim hanyalah minoritas. Mayoritas penduduknya adalah penganut animisme atau agama warisan nenek moyang mereka, seperti Dinka.
Pemeluk Kristen di wilayah itu mencapai 10 persen. Tak diketahui secara pasti jumlah kaum Muslim yang menetap di Sudan Selatan.
Umat Islam di Sudan Selatan memilih melepaskan diri dari Sudan pada saat referendum dilakukan. Meski selama konflik diperlakukan dengan baik oleh Pemerintah Sudan yang berkuasa di Khartoum, Muslim di Sudan Selatan menginginkan negara baru. Alasannya, selama berada di bawah pemerintahan Sudan Utara, mereka kurang diperhatikan.(*)
