Di bawah pemerintahan kolonial Belgia (1908-1960), umat Islam tidak dipercaya dan dianggap sebagai sumber potensial pemberontakan dan agama Kristen, khususnya Katolik, dipromosikan oleh negara.
Kemerdekaan Kongo pada tahun 1960 membawa toleransi beragama yang lebih besar dan memungkinkan komunitas Muslim untuk berorganisasi secara terbuka untuk pertama kalinya.
Komunitas Muslim menerima dukungan asing, terutama dari Muammar Gaddafi pada tahun 1990-an yang rezimnya di Libya membiayai pembangunan masjid di Kongo Timur. Sejak berakhirnya Perang Kongo Kedua, komunitas Muslim Kongo semakin bersatu dengan munculnya kepemimpinan nasional.
Islam merupakan agama yang signifikan di Republik Demokratik Kongo modern. Agama ini sangat menonjol di bagian timur negara tersebut. Konsentrasi Muslim tertinggi diperkirakan berada di Provinsi Maniema dan khususnya di kota Kasongo dan Kindu, di mana mereka mewakili 80-90 persen dan 25 persen dari populasi masing-masing.
Konsentrasi Muslim terbesar kedua berada di Kisangani, di mana mereka mencapai 15 persen dari populasi. Selain Muslim asli, populasi juga mencakup imigran baru dari Lebanon, India, Pakistan, dan bagian lain dari benua Afrika.
