Umat Islam Kongo diwakili di tingkat nasional oleh Komunitas Islam Republik Demokratik Kongo (Communauté islamique du République démocratique du Congo, atau Comico) yang menggantikan Komunitas Islam Zaire (Communauté islamique du Zaïre, Comiza) yang didirikan pada tahun 1970-an.
Namun, agama ini memiliki sedikit pengaruh politik dalam politik nasional dan kurang terwakili dalam lembaga-lembaganya. Pada pemilihan umum tahun 2006, hanya empat anggota parlemen Muslim dan tiga senator Muslim yang terpilih dari 500 dan 108 masing-masing.
Kekerasan antara Muslim dan kelompok agama lain di Kongo, khususnya umat Kristen Kongo, telah terjadi di Kivu Utara sejak tahun 2014 sehubungan dengan pemberontakan Pasukan Demokratik Sekutu yang berasal dari negara tetangga Uganda.
Pasukan Demokratik Sekutu, yang ideologi politiknya didasarkan pada Islamisme, secara luas dicurigai telah melakukan pembantaian Beni pada Agustus 2016.
Dilaporkan pada tahun 2019 bahwa kontingen Pakistan dari pasukan MONUSCO PBB dilaporkan telah membiayai pembangunan masjid-masjid baru di wilayah tersebut, yang berkontribusi pada “islamisasi” Kongo Timur.
