Pada tanggal 9 Februari 2006, Presiden Mutharika memecat Chilumpha dari jabatannya sebagai Wakil Presiden, menuduhnya berusaha menjalankan pemerintahan paralel dan mengklaim bahwa ia telah menyerang pemerintah dan secara serius merusak integritasnya.
Namun, pada tanggal 10 Februari, pengadilan tinggi memberikan perintah untuk mencegah pemecatan Chilumpha sampai Mahkamah Konstitusi dapat memutuskan apakah persetujuan parlemen diperlukan untuk pemecatan wakil presiden.
Chilumpha ditangkap di rumahnya pada tanggal 28 April 2006 karena tuduhan pengkhianatan dan dipindahkan ke tahanan di ibu kota, Lilongwe.
Chilumpha dituduh berkonspirasi dengan Yusuf Matumula dan Rashid Nembo untuk membunuh Mutharika. Pengacara Chilumpha mengatakan bahwa ia sedang mengupayakan pembebasan dengan jaminan untuk kliennya, dan UDF menggambarkan penangkapan tersebut sebagai penganiayaan politik.
Persidangan Chilumpha dimulai pada tanggal 30 Januari 2007. Ia mengatakan bahwa ia menghadapi penganiayaan politik karena penolakannya untuk bergabung dengan partai Mutharika, Partai Progresif Demokratik (DPP), dan di pengadilan ia awalnya menolak untuk mengajukan pembelaan.
