Zainul Abidin yakin bahwa sumsum ibadah adalah doa. Beliau sendiri paling gemar berdoa di tirai Ka’bah dengan doanya; “Wahai Rabb-ku, Engkau menjadikan aku merasakan rahmat-Mu kepadaku seperti yang kurasakan dan Engkau berikan nikmat kepadaku sebagaimana yang Engkau anugerahkan, sehingga aku berdoa dalam ketenangan tanpa rasa takut dan meminta sesuka hatiku tanpa malu dan ragu. Wahai Rabb-ku, aku berwasilah kepada-Mu dengan wasilah seorang hamba lemah yang sangat membutuhkan rahmat dan kekuatan-Mu demi melaksanakan kewajiban dan menunaikan hak-Mu. Maka terimalah doaku, doa orang yang lemah, asing dan tak ada yang mampu menolong kecuali Engkau semata, wahai Akramal Akramin…”
Thawus bin Kaisan pernah melihat Zainul Abidin berdiri di bawah bayang-bayang Baitul Atiq (ka’bah), gelagapan seperti orang tenggelam, menangis seperti ratapan seorang penderita sakit dan berdoa terus-menerus seperti orang yang sedang terdesak kebutuhan yang sangat. Setelah Zainul Abidin selesai berdoa, Thawus bin Kaisan mendekat dan berkata,
Thawus; “Wahai cicit Rasulullah, kulihat Anda dalam keadaan demikian padahal Anda memiliki tiga keutamaan yang saya mengira bisa mengamankan Anda dari rasa takut”.
Zainul Abidin; “Apakah itu wahai Thawus?”.
Thawus; “Pertama, Anda adalah keturunan Rasulullah shallallahu alaihi wasallam. Kedua, Anda akan mendapatkan syafaat dari kakek Anda dan ketiga, rahmat Allah bagi Anda”.
Zainul Abidin; “Wahai Thawus, garis keturunanku dari Rasulullah tidak menjamin keamananku setelah kudengar firman Allah “…kemudian ditiup lagi sangkakala, maka tidak ada lagi pertalian nasab di antara mereka hari itu…”. (QS. Al Mu’minun: 101)
