Bongo adalah anak bungsu dari 12 bersaudara dan pernah bertugas sebagai anggota Angkatan Udara Prancis. Kariernya menanjak dengan cepat pada jabatan sipil hingga akhirnya menjadi wakil presiden.
Setelah menjadi presiden, dia menetapkan negara dengan partai tunggal. Partai berkuasa mendominasi parlemen selama beberapa dekade. Bongo memerintah secara diktator. Oposisi baru diperbolehkan ada pada tahun 1990 menyusul gelombang protes pro-demokrasi.
Pada tahun 2003, parlemen menghapus batasan masa jabatan presiden dari konstitusi. Meskipun rakyat takut kepadanya, banyak orang menerima kekuasaannya karena dia menjaga negaranya tetap damai dan memerintah tanpa karakteristik kebrutalan terus-menerus.
Pada 2005, penyelidikan Komisi Urusan Indian Senat AS ke dalam ketidaktentuan penggalangan dana oleh pelobi Jack Abramoff mengungkapkan bahwa Abramoff telah menawari Bongo menyusun pertemuan dengan Presiden AS George W. Bush buat barter 9 juta dolar. Bongo bertemu Bush 10 bulan kemudian di Kantor Oval.
Pada tanggal 8 Juni 2009, dia meninggal dunia di Barcelona, Spanyol akibat serangan jantung. Sejak dia masuk rumah sakit pada bulan Mei 2009, para pejabat Gabon gencar membantah bahwa dia sakit.
