Para misionaris Kristen tidak mengamati adanya diskriminasi terhadap orang Kristen atau minoritas lainnya di daerah-daerah yang berada di bawah kendali pemerintah, dan melaporkan bahwa pemerintah terus mematuhi persyaratan konstitusional untuk memperlakukan semua agama secara setara.
Raja Mali yang paling penting adalah Mansa Musa (1312-1337), yang memperluas pengaruh Mali atas negara-kota besar Niger seperti Timbuktu, Gao, dan Djenné. Mansa Musa adalah seorang Muslim yang taat dan dilaporkan telah membangun berbagai masjid besar di seluruh wilayah pengaruh Mali; perjalanan ziarahnya ke Mekah yang dipenuhi emas membuatnya menjadi tokoh terkenal dalam catatan sejarah.
Hubungan antara mayoritas Muslim dan minoritas Kristen serta agama lain termasuk penganut Agama Tradisional Afrika dilaporkan secara umum stabil hingga baru-baru ini, meskipun terdapat beberapa kasus ketidakstabilan dan ketegangan di masa lalu.
Cukup umum untuk menemukan penganut berbagai kepercayaan dalam satu keluarga. Banyak pengikut satu agama biasanya menghadiri upacara keagamaan agama lain, terutama pernikahan, baptisan, dan pemakaman.
Sejak diberlakukannya hukum Syariah di wilayah utara negara pada tahun 2012, penganiayaan terhadap umat Kristen di wilayah utara telah meningkat secara signifikan dan digambarkan sebagai parah oleh Misionaris Pintu Terbuka yang menerbitkan indeks penganiayaan Kristen; Mali berada di peringkat ke-7 dalam daftar indeks tahun 2013.
