Pada Januari 2002, Dewan Tinggi dibentuk untuk mengkoordinasikan urusan keagamaan bagi seluruh komunitas Muslim dan menstandarisasi kualitas dakwah di masjid-masjid. Semua kelompok Muslim di negara ini saat ini mengakui otoritasnya.
Kelompok ekstremis bertanggung jawab atas beberapa tindakan tercela di Mali, terutama yang dijuluki Pertempuran Gao, di mana kelompok ekstremis Islam, Ansar Dine, mulai menghancurkan berbagai Situs Warisan Dunia Muslim.
Yang paling signifikan di antaranya adalah makam Islam Sidi Mahmoud Ben Amar dan di makam-makam di sekitar ibu kota, termasuk makam Sidi Yahya , para militan menerobos masuk dan menghancurkan makam-makam Muslim.
Banyak kota di Mali menjadi korban penerapan interpretasi hukum Syariah oleh kelompok ekstremis. Sebuah laporan baru-baru ini di The Guardian mengungkapkan bahwa kelompok ekstremis telah melarang musik di wilayah tertentu dan diketahui muncul secara acak di desa-desa, bersenjata, untuk membakar alat musik dan barang-barang musik di atas api unggun.
Seorang gitaris diancam bahwa jari-jarinya akan dipotong jika ia menunjukkan wajahnya di salah satu kota lagi. Pada 18 Mei 2017, seorang pria dan seorang wanita dirajam sampai mati karena hidup bersama tanpa menikah.
