Penerapan Syariah di wilayah utara yang dikuasai pemberontak mencakup pelarangan musik, pemotongan tangan atau kaki pencuri, rajam pezina, dan cambukan publik terhadap perokok, peminum alkohol, dan wanita yang berpakaian tidak pantas.
Beberapa situs Islam di Mali telah dihancurkan atau dirusak oleh aktivis main hakim sendiri yang terkait dengan ekstremis Al Qaeda yang mengklaim bahwa situs-situs tersebut merupakan “penyembahan berhala”.
Beberapa pendakwah Islam asing beroperasi di bagian utara negara itu, sementara masjid-masjid yang terkait dengan Dawa (sebuah kelompok Islamis) terletak di Kidal, Mopti, dan Bamako. Organisasi Dawa telah memperoleh pengikut di kalangan Bellah, yang dulunya adalah budak para bangsawan Tuareg, dan juga di kalangan pemuda pengangguran.
Ketertarikan kelompok-kelompok ini pada Dawa didasarkan pada keinginan untuk melepaskan diri dari mantan majikan mereka, dan untuk menemukan sumber penghasilan. Sekte Dawa memiliki pengaruh yang kuat di Kidal, sementara gerakan Wahabi dilaporkan terus berkembang di Timbuktu. Pendekatan tradisional negara ini terhadap Islam relatif moderat, sebagaimana tercermin dalam manuskrip kuno dari bekas Universitas Timbuktu
Konstitusi menjamin kebebasan beragama dan tidak mengizinkan segala bentuk diskriminasi atau intoleransi beragama oleh pemerintah atau individu. Tidak ada agama negara karena konstitusi mendefinisikan negara sebagai negara sekuler dan mengizinkan praktik keagamaan yang tidak menimbulkan ancaman terhadap stabilitas sosial dan perdamaian.
