Pemerintah mewajibkan semua asosiasi publik, termasuk asosiasi keagamaan, untuk mendaftar kepada pemerintah. Namun, pendaftaran tidak memberikan preferensi pajak dan tidak memberikan manfaat hukum lainnya, dan kegagalan untuk mendaftar tidak dikenai sanksi dalam praktiknya. Agama tradisional masyarakat adat tidak diwajibkan untuk mendaftar.
Sejumlah kelompok misionaris asing beroperasi di negara itu tanpa campur tangan pemerintah. Baik Muslim maupun non-Muslim diperbolehkan untuk mengkonversi orang secara bebas.
Hukum keluarga, termasuk hukum yang berkaitan dengan perceraian, perkawinan, dan warisan, didasarkan pada perpaduan antara tradisi lokal dan hukum serta praktik Islam.
Selama pemilihan presiden yang diadakan pada bulan April dan Mei 2002, Pemerintah dan partai-partai politik menekankan sekularitas negara. Beberapa hari sebelum pemilihan, seorang pemimpin Islam radikal menyerukan umat Muslim untuk memilih mantan Perdana Menteri Ibrahim Boubacar Keïta.
Dewan Tinggi Islam, badan Islam paling senior di negara itu, mengkritik keras pernyataan tersebut dan mengingatkan semua warga negara untuk memilih kandidat pilihan mereka.
